La construction de la pagode fit partie des travaux de fondation de la nouvelle capitale de la dynastie Konbaung décidée par le roi Mindon en 1857. Il y convoqua ensuite le cinquième concile du bouddhisme theravada en 1871. Désireux de réaliser une œuvre de grand mérite, il décida de faire graver l'intégralité du Tipitaka pour la postérité, c'est-à-dire pour 5000 ans après la vie de Gautama Bouddha. Le travail commença le 14 octobre 1860, le hti (ombrelle en métal orné de pierres précieuses) du stûpa principal fut élevé le 19 juillet 1862.

Le marbre était extrait de la colline de Zagyin, 50 km au nord de Mandalay, et transporté par bateau jusqu'à la ville, où il était transformé en stèles de 1,1 m de large, 1,52 m de haut et 13 cm d'épaisseur. Le texte, établi par une assemblée de supérieurs bouddhistes à partir des manuscrits sur feuilles de palmiers conservés dans les bibliothèques royales, y était soigneusement copié.

Chaque stèle comporte de 80 à 100 lignes de texte de chaque côté, gravé en écriture birmane et à l'origine rempli d'une encre dorée. Il fallait à un scribe 3 jours pour copier le texte sur les deux faces, et le graveur pouvait faire 16 lignes par jour. L'ensemble fut achevé et ouvert au public le 4 mai 1868.

Les stûpas sont disposés en lignes dans 3 enceintes concentriques : 42 au centre, 168 au milieu et 519 à l'extérieur. Un stûpa supplémentaire, situé à l'angle sud-est de la première enceinte porte le total à 730 : la stèle qu'il abrite relate les circonstances de la construction. Il y avait aussi trente-quatre zayats (pavillons de repos) en briques, sauf sur son côté est.

L'entrée principale se trouve au sud. Elle comporte de massives portes en teck ornées de gravures florales, de rubans et de devas. Elle donne sur une entrée couverte, ou saungdan, comme la plupart des pagodes birmanes. Le plafond de celle-ci est peint.

Après l'annexion de Mandalay par les britanniques en 1885, des troupes furent cantonnées un peu partout dans les monastères, les temples et les pagodes, empêchant les Birmans de s'y rendre. Un certain U Aung Ban eut alors l'idée de faire directement appel à la reine Victoria, qui avait promis de respecter toutes les religions pratiquées par ses sujets. À leur grande joie, la reine ordonna le retrait des troupes de tous les ensembles religieux en 1890. Mais ils découvrirent alors que la pagode avait été pillée, le hti abattu et dépouillé de ses pierreries et de tout son or et de son argent. Les plaques de marbre italien des terrasses avaient été volées et les zayats étaient en ruine, leurs briques ayant été utilisées à la construction d'une route. Les 9 cloches en bronze de chaque stûpa avaient disparu (il y en avait 6570 au total). La couverture et les lettres d'or des stèles avaient aussi été soigneusement grattées.

Tous les ogres le long des couloirs avaient été décapités et les yeux et griffes de marbre des chinthes avaient disparu.

En 1892, un comité fut formé pour lancer les travaux de restauration, avec l'aide des familles des donneurs d'origine et du public. Il comprenait des moines importants, des membres de la famille royale et d'anciens officiers du roi : Atumashi Sayadaw (abbé du monastère Atumashi), Kinwon Min Gyi (ancien chancelier de Mindon Min et Thibaw Min), Hleithin Atwinwun (ministre de la flotte royale), le Saopha de Nyaung Shwe Sir Saw Maung, Mobyè Sitkè (un général de l'armée royale), etc. 

Ce dernier demanda aux moines l'autorisation de planter dans l'enceinte des arbres hkayei (Mimusops elengi) et des meze (Madhuca longifolia). Les lettres d'or des stèles furent remplacées par de l'encre noire à base de gomme-laque et de suie, qui les rend plus faciles à lire. Les htis des pagodons furent décorés de pierres payées par les membres de la famille royale, par d'anciens officiers, par les Saophas et Myosas des états Shan  et des dons du public .En 1913 Sir Po Tha, un marchand de riz de Rangoon, fit réparer et redorer le stûpa principal. L'année suivante, la Society of Pitaka Stone Inscriptions (société des inscriptions du Tipitaka) fit don de portes en fer pour remplacer celles en bois sculpté de l'entrée sud, détruite par les soldats. La porte ouest fut donnée par le fameux zat mintha (acteur) Po Sein l'année suivante, et les portes nord et est par les enfants et petits-enfants de Mindon Min en 1932. En 1919 l'ermite U Khandi dirigea la reconstruction des saungdan (entrées couvertes) sud et ouest.

Une des 729 stèles..A l'origine, les lettres étaient dorées